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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
/bin/sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
/bin/sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
/bin/sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
/bin/sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
/bin/sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
* Info: Detected 2 Lprof instances in o405: processes-per-node/ppn set accordingly.
If this is incorrect, rerun with an explicit value for this setting
* Info: Selecting the 'perf-high-ppn' engine for node o405
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sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
* Warning: Found no event able to derive walltime: prepending ref-cyclessh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
* Info: Process launched (host o405, process 324835)
* Info: Process launched (host o405, process 324839)Tue Apr 16 03:14:20 2024: Starting Initialization
Mini-Application Name : CoMD-openmp-mpi
Mini-Application Version : 1.1
Platform:
hostname: o405
kernel name: 'Linux'
kernel release: '4.18.0-477.27.1.el8_8.x86_64'
processor: 'x86_64'
Build:
CC: '/opt/intel/oneapi/mpi/2021.12/bin/mpiicc'
compiler version: 'unknown'
CFLAGS: '-O3 -march=native -fno-alias -qopt-report=3 -DDO_MPI -g -grecord-gcc-switches -fno-omit-frame-pointer -fcf-protection=none -no-pie -cc=icx -fiopenmp'
LDFLAGS: ' '
using MPI: true
Threading: OpenMP (56 threads)
Double Precision: true
Run Date/Time: 2024-04-16, 03:14:20
Command Line Parameters:
doeam: 0
potDir: pots
potName: Cu_u6.eam
potType: funcfl
nx: 100
ny: 100
nz: 100
xproc: 2
yproc: 1
zproc: 1
Lattice constant: -1 Angstroms
nSteps: 100
printRate: 10
Time step: 1 fs
Initial Temperature: 600 K
Initial Delta: 0 Angstroms
Simulation data:
Total atoms : 4000000
Min global bounds : [ 0.0000000000, 0.0000000000, 0.0000000000 ]
Max global bounds : [ 361.5000000000, 361.5000000000, 361.5000000000 ]
Decomposition data:
Processors : 2, 1, 1
Local boxes : 31, 62, 62 = 119164
Box size : [ 5.8306451613, 5.8306451613, 5.8306451613 ]
Box factor : [ 1.0074548875, 1.0074548875, 1.0074548875 ]
Max Link Cell Occupancy: 32 of 64
Potential data:
Potential type : Lennard-Jones
Species name : Cu
Atomic number : 29
Mass : 63.55 amu
Lattice Type : FCC
Lattice spacing : 3.615 Angstroms
Cutoff : 5.7875 Angstroms
Epsilon : 0.167 eV
Sigma : 2.315 Angstroms
Initial energy : -1.166063303464, atom count : 4000000
Tue Apr 16 03:14:21 2024: Initialization Finished
Tue Apr 16 03:14:21 2024: Starting simulation
# Performance
# Loop Time(fs) Total Energy Potential Energy Kinetic Energy Temperature (us/atom) # Atoms
0 0.00 -1.166063303464 -1.243619295064 0.077555991600 600.0000 0.0000 4000000
10 10.00 -1.166059650500 -1.233157709949 0.067098059449 519.0938 0.1328 4000000
20 20.00 -1.166048438416 -1.208183014318 0.042134575902 325.9677 0.1323 4000000
30 30.00 -1.166037590737 -1.186586197151 0.020548606414 158.9711 0.1301 4000000
40 40.00 -1.166042093134 -1.183625399859 0.017583306724 136.0305 0.1291 4000000
50 50.00 -1.166051684893 -1.193713710258 0.027662025365 214.0030 0.1286 4000000
60 60.00 -1.166054646931 -1.202662201513 0.036607554582 283.2087 0.1285 4000000
70 70.00 -1.166052143011 -1.204911990844 0.038859847833 300.6332 0.1287 4000000
80 80.00 -1.166048803912 -1.203635015020 0.037586211108 290.7799 0.1287 4000000
90 90.00 -1.166048006780 -1.203820491599 0.037772484818 292.2210 0.1288 4000000
100 100.00 -1.166049793504 -1.206862845060 0.040813051556 315.7439 0.1292 4000000
Tue Apr 16 03:14:47 2024: Ending simulation
Simulation Validation:
Initial energy : -1.166063303464
Final energy : -1.166049793504
eFinal/eInitial : 0.999988
Final atom count : 4000000, no atoms lost
Timings for Rank 0
Timer # Calls Avg/Call (s) Total (s) % Loop
___________________________________________________________________
total 1 26.7552 26.7552 103.15
loop 1 25.9372 25.9372 100.00
timestep 10 2.5937 25.9367 100.00
position 100 0.0048 0.4849 1.87
velocity 200 0.0043 0.8572 3.30
redistribute 101 0.0648 6.5428 25.23
atomHalo 101 0.0247 2.4930 9.61
force 101 0.1808 18.2620 70.41
commHalo 303 0.0027 0.8182 3.15
commReduce 39 0.0003 0.0128 0.05
Timing Statistics Across 2 Ranks:
Timer Rank: Min(s) Rank: Max(s) Avg(s) Stdev(s)
_____________________________________________________________________________
total 0: 26.7552 1: 26.7564 26.7558 0.0006
loop 0: 25.9372 1: 25.9372 25.9372 0.0000
timestep 0: 25.9367 1: 25.9369 25.9368 0.0001
position 0: 0.4849 1: 0.4852 0.4850 0.0002
velocity 0: 0.8572 1: 0.8723 0.8647 0.0075
redistribute 1: 6.4983 0: 6.5428 6.5205 0.0223
atomHalo 1: 2.4483 0: 2.4930 2.4707 0.0223
force 0: 18.2620 1: 18.3025 18.2823 0.0202
commHalo 1: 0.7633 0: 0.8182 0.7907 0.0274
commReduce 0: 0.0128 1: 0.0138 0.0133 0.0005
---------------------------------------------------
Average atom update rate: 0.13 us/atom/task
---------------------------------------------------
---------------------------------------------------
Average all atom update rate: 0.06 us/atom
---------------------------------------------------
---------------------------------------------------
Average atom rate: 15.42 atoms/us
---------------------------------------------------
Tue Apr 16 03:14:47 2024: CoMD Ending
* Info: Process finished (host o405, process 324839)
* Warning: (host o405, process 324839) Observed more threads (57) than expected (56): in case of high IO overhead or suspicious profile, rerun with maximum-threads-per-process=57.
* Info: Process finished (host o405, process 324835)
* Warning: (host o405, process 324835) Observed more threads (57) than expected (56): in case of high IO overhead or suspicious profile, rerun with maximum-threads-per-process=57.
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
Your experiment path is /scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-322-9862/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1713230056/tools/lprof_npsu_run_0
To display your profiling results:
#########################################################################################################################################################################################################
# LEVEL | REPORT | COMMAND #
#########################################################################################################################################################################################################
# Functions | Cluster-wide | maqao lprof -df xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-322-9862/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1713230056/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Functions | Per-node | maqao lprof -df -dn xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-322-9862/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1713230056/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Functions | Per-process | maqao lprof -df -dp xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-322-9862/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1713230056/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Functions | Per-thread | maqao lprof -df -dt xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-322-9862/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1713230056/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Loops | Cluster-wide | maqao lprof -dl xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-322-9862/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1713230056/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Loops | Per-node | maqao lprof -dl -dn xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-322-9862/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1713230056/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Loops | Per-process | maqao lprof -dl -dp xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-322-9862/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1713230056/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Loops | Per-thread | maqao lprof -dl -dt xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-322-9862/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1713230056/tools/lprof_npsu_run_0 #
#########################################################################################################################################################################################################
