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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
/bin/sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
/bin/sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
/bin/sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
/bin/sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
/bin/sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
/bin/sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
* Info: Detected 2 Lprof instances in o406: processes-per-node/ppn set accordingly.
If this is incorrect, rerun with an explicit value for this setting
* Info: Selecting the 'perf-high-ppn' engine for node o406
* Warning: Found no event able to derive walltime: prepending ref-cyclessh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
* Info: Process launched (host o406, process 1388874)
* Info: Process launched (host o406, process 1388870)Fri Mar 29 15:32:56 2024: Starting Initialization
Mini-Application Name : CoMD-openmp-mpi
Mini-Application Version : 1.1
Platform:
hostname: o406
kernel name: 'Linux'
kernel release: '4.18.0-477.27.1.el8_8.x86_64'
processor: 'x86_64'
Build:
CC: '/opt/intel/oneapi/mpi/2021.8.0/bin/mpiicc'
compiler version: '/bin/sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée'
CFLAGS: '-O3 -march=native -fno-alias -qopt-report=3 -DDO_MPI -g -grecord-gcc-switches -fno-omit-frame-pointer -fcf-protection=none -no-pie -cc=icx -fiopenmp'
LDFLAGS: ' '
using MPI: true
Threading: OpenMP (56 threads)
Double Precision: true
Run Date/Time: 2024-03-29, 15:32:56
Command Line Parameters:
doeam: 0
potDir: pots
potName: Cu_u6.eam
potType: funcfl
nx: 100
ny: 100
nz: 100
xproc: 2
yproc: 1
zproc: 1
Lattice constant: -1 Angstroms
nSteps: 100
printRate: 10
Time step: 1 fs
Initial Temperature: 600 K
Initial Delta: 0 Angstroms
Simulation data:
Total atoms : 4000000
Min global bounds : [ 0.0000000000, 0.0000000000, 0.0000000000 ]
Max global bounds : [ 361.5000000000, 361.5000000000, 361.5000000000 ]
Decomposition data:
Processors : 2, 1, 1
Local boxes : 31, 62, 62 = 119164
Box size : [ 5.8306451613, 5.8306451613, 5.8306451613 ]
Box factor : [ 1.0074548875, 1.0074548875, 1.0074548875 ]
Max Link Cell Occupancy: 32 of 64
Potential data:
Potential type : Lennard-Jones
Species name : Cu
Atomic number : 29
Mass : 63.55 amu
Lattice Type : FCC
Lattice spacing : 3.615 Angstroms
Cutoff : 5.7875 Angstroms
Epsilon : 0.167 eV
Sigma : 2.315 Angstroms
Initial energy : -1.166063303464, atom count : 4000000
Fri Mar 29 15:32:57 2024: Initialization Finished
Fri Mar 29 15:32:57 2024: Starting simulation
# Performance
# Loop Time(fs) Total Energy Potential Energy Kinetic Energy Temperature (us/atom) # Atoms
0 0.00 -1.166063303464 -1.243619295064 0.077555991600 600.0000 0.0000 4000000
10 10.00 -1.166059650500 -1.233157709949 0.067098059449 519.0938 0.1356 4000000
20 20.00 -1.166048438416 -1.208183014318 0.042134575902 325.9677 0.1341 4000000
30 30.00 -1.166037590737 -1.186586197151 0.020548606414 158.9711 0.1315 4000000
40 40.00 -1.166042093134 -1.183625399859 0.017583306724 136.0305 0.1303 4000000
50 50.00 -1.166051684893 -1.193713710258 0.027662025365 214.0030 0.1299 4000000
60 60.00 -1.166054646931 -1.202662201513 0.036607554582 283.2087 0.1300 4000000
70 70.00 -1.166052143011 -1.204911990844 0.038859847833 300.6332 0.1300 4000000
80 80.00 -1.166048803912 -1.203635015020 0.037586211108 290.7799 0.1302 4000000
90 90.00 -1.166048006780 -1.203820491599 0.037772484818 292.2210 0.1304 4000000
100 100.00 -1.166049793504 -1.206862845060 0.040813051556 315.7439 0.1306 4000000
Fri Mar 29 15:33:23 2024: Ending simulation
Simulation Validation:
Initial energy : -1.166063303464
Final energy : -1.166049793504
eFinal/eInitial : 0.999988
Final atom count : 4000000, no atoms lost
Timings for Rank 0
Timer # Calls Avg/Call (s) Total (s) % Loop
___________________________________________________________________
total 1 27.0873 27.0873 103.17
loop 1 26.2546 26.2546 100.00
timestep 10 2.6254 26.2539 100.00
position 100 0.0051 0.5098 1.94
velocity 200 0.0045 0.8917 3.40
redistribute 101 0.1032 10.4182 39.68
atomHalo 101 0.0617 6.2293 23.73
force 101 0.1406 14.1958 54.07
commHalo 303 0.0147 4.4495 16.95
commReduce 39 0.0118 0.4608 1.76
Timing Statistics Across 2 Ranks:
Timer Rank: Min(s) Rank: Max(s) Avg(s) Stdev(s)
_____________________________________________________________________________
total 0: 27.0873 1: 27.0876 27.0874 0.0001
loop 0: 26.2546 1: 26.2546 26.2546 0.0000
timestep 0: 26.2539 1: 26.2542 26.2541 0.0001
position 1: 0.5060 0: 0.5098 0.5079 0.0019
velocity 0: 0.8917 1: 0.9155 0.9036 0.0119
redistribute 1: 6.6779 0: 10.4182 8.5480 1.8701
atomHalo 1: 2.5241 0: 6.2293 4.3767 1.8526
force 0: 14.1958 1: 18.3730 16.2844 2.0886
commHalo 1: 0.7765 0: 4.4495 2.6130 1.8365
commReduce 1: 0.0026 0: 0.4608 0.2317 0.2291
---------------------------------------------------
Average atom update rate: 0.13 us/atom/task
---------------------------------------------------
---------------------------------------------------
Average all atom update rate: 0.07 us/atom
---------------------------------------------------
---------------------------------------------------
Average atom rate: 15.24 atoms/us
---------------------------------------------------
Fri Mar 29 15:33:23 2024: CoMD Ending
* Info: Process finished (host o406, process 1388870)
* Warning: (host o406, process 1388870) Observed more threads (57) than expected (56): in case of high IO overhead or suspicious profile, rerun with maximum-threads-per-process=57.
* Info: Process finished (host o406, process 1388874)
* Warning: (host o406, process 1388874) Observed more threads (57) than expected (56): in case of high IO overhead or suspicious profile, rerun with maximum-threads-per-process=57.
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « which »
sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « scl »
sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
sh: which: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « ml »
sh: _module_raw: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « _module_raw »
sh: scl: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: ml: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: module: ligne 1: erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée
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sh: erreur lors de l'importation de la définition de fonction pour « module »
Your experiment path is /scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-2581/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711722771/tools/lprof_npsu_run_0
To display your profiling results:
#########################################################################################################################################################################################################
# LEVEL | REPORT | COMMAND #
#########################################################################################################################################################################################################
# Functions | Cluster-wide | maqao lprof -df xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-2581/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711722771/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Functions | Per-node | maqao lprof -df -dn xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-2581/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711722771/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Functions | Per-process | maqao lprof -df -dp xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-2581/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711722771/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Functions | Per-thread | maqao lprof -df -dt xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-2581/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711722771/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Loops | Cluster-wide | maqao lprof -dl xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-2581/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711722771/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Loops | Per-node | maqao lprof -dl -dn xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-2581/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711722771/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Loops | Per-process | maqao lprof -dl -dp xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-2581/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711722771/tools/lprof_npsu_run_0 #
# Loops | Per-thread | maqao lprof -dl -dt xp=/scratch_na/users/xoserete/qaas_runs/171-172-2581/intel/CoMD/run/oneview_runs/defaults/orig/oneview_results_1711722771/tools/lprof_npsu_run_0 #
#########################################################################################################################################################################################################
